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circRNA研究最近有哪些新进展？

点击次数：  更新时间：2018/1/24 13:59:20  

circRNA（Circular RNAs，环形RNA分子）已经被验证为一种新的单链RNA，是一类不具有5' 末端帽子和3' 末端poly(A)尾巴，以共价键形成环形结构的非编码RNA分子,广泛在哺乳动物组织中表达，具有高度保守性。

circRNA主要来源

circRNA主要来源于基因外显子（exon）, 5'和3'识别两端的GT / AG以共价键方式拼接成环状covalently back-spliced（Figue1A）。部分circRNA分子含miRNA应答元件(miRNAresponse element，MRE)，可充当竞争性内源RNA(competing endogenousRNA，ceRNA)，与miRNA结合，在细胞中起到miRNA海绵（miRNA sponge）的作用，进而解除miRNA对其靶基因的抑制作用，上调靶基因的表达水平，亦可以作为转录因子直接作用于RNA结合蛋白。

哺乳动物的心脏相关circRNA研究已经被报道，目前还没有全面的人类心脏疾病的circRNA的研究注释和深度分析以及其他类型的非心脏组织之间的对比研究。本篇文章A landscape of circular RNA expression in the human heart，完成了对心脏组织circRNA表达的基因图谱研究，对circRNA在心脏组织表达情况进行深度分析以及分析其在组织分化中的影响。

测序

通过对人类心脏组织进行RNAseq测序，总计发现15318条circRNA，其中有6448条circRNA来源于high-confidence exonic circRNA。通过与数据库进行比对分析注释，发现82.32% (12 611/15 318) 的circRNA 来源于外显子，而主要的exonic circRNA（外显子来源的circRNA）属于编码区外显子(96.42%, 12 160/12 611) （Figue1B）。其中单个外显子来源的exonic circRNA约占～8% (1005/12 611)，而～16% (2046/12 611)至少跨越10个外显子，最长的circRNA为circTTN-366，跨越153个外显子。表达最高的circRNA对应的关键心脏基因为：TTN, RYR2 and DMD。人类最长的转录本TTN基因单独表达了401种不同的circRNA亚型（Table1）.

3RT-PCR方法验证结果

为了证实RNAseq测序出来的表达在心脏的circRNA，作者选择了11个高、中、低表达的cardiac-expressed circRNA，用RT-PCR方法验证，结果如Figue2.